С 2013 года по июнь 2016 — режиссёр-постановщик и руководитель социально-просветительского отдела БДТ им. Г. А. Товстоногова.
Инклюзивный театральный проект «Встреча»: создание спектакля с участием профессиональных актёров и людей с аутизмом.
«Три года работает наш проект „Встреча“. Профессиональные актеры и студенты центра „Антон тут рядом“ — взрослые люди с аутизмом каждый вторник собираются на совместный театральный тренинг. Все три года мы слышим одни и те же вопросы: а театр ли это? Не боятся ли „они“ скопления людей? А как вы „им“ задачи ставите? А это труднее, чем с обычными актерами? Нужно ли специально учиться, чтобы работать с „ними“? Чтобы развеять мифы о „нас“ и „них“, мы приглашаем профессиональных актеров Санкт-Петербурга принять участие в открытом занятии нашей „Встречи“. Мы будем работать с телом, пространством, голосом, ритмом. Нас интересует подлинное присутствие человека „здесь и сейчас“, коммуникация, структура и спонтанность действия».

Премьера инклюзивного спектакля «Язык птиц», созданного в рамках проекта «Встреча» совместно БДТ и Центром помощи людям с аутизмом «Антон тут рядом», состоялась на открытии театральной программы IV Санкт-Петербургского международного культурного форума в декабре 2015 года. Спектакль «Язык птиц» принимал участие в фестивале «Санкт-Петербургский майский шоу-кейс», фестивале «Территория» (Москва, октябрь 2016), номинирован на премию «Золотая маска» в номинации «Эксперимент».

С 2017 по настоящее время художественный руководитель проекта «Квартира. Разговоры» фонда поддержки социальных и культурных проектов «Alma Mater»

«Сотрудничество с фондом „Alma Mater“, который как раз возник как фонд поддержки арт-инноваций и социально-ориентированных инициатив. И мы с этим фондом думали о том, как создать пространство, которое в самой своей структуре не имело какой-то иерархической модели. Мы взяли за ролевую модель традицию независимой, неофициальной ленинградской культуры — коммуналку, это же абсолютная в этом смысле горизонтальная модель общества! Коммуналка, где в одной комнате жил профессор (если это профессор, не обласканный советской властью, а какой-нибудь вполне себе альтернативно мыслящий), в другой комнате — какой-нибудь рабочий кировского завода…
Мы нашли настоящую бывшую коммуналку в доме на Мойке, 60-х годов XIX века с действующей печкой. И в этой квартире в течение полугода делали аутентичный ремонт, такую реконструкцию, чтобы, собственно, этот дух ленинградской коммуналки полностью воссоздать. Мы собирали вещи, это была акция на весь город, нам дарили фортепиано и шкафы. Привлекли к работе художников (один человек там бы никогда не справился, у нас была целая артель, состоящая из 8 художников), так возникло пространство для разговоров, как мы его обозначили.
Это буквально квартира, у каждой комнаты своя атмосфера, и действие происходит сразу везде, потому что одни люди тут, другие люди там, люди ходят друг к другу в гости. И мы, артисты, относимся к себе как к таким регулярным, постоянным гостям этой квартиры, мы тоже не хозяева ее, наша легенда заключается в том, что хозяева как бы скоро вернутся, как всегда это бывает».

Андрей Афонин на протяжении всей своей деятельности становился участником множества международных научно-практических конференций по вопросам социокультурной реабилитации и искусству людей с ограниченными возможностями здоровья. В 2004—2010 гг. являлся участником окружных и городских экспериментальных площадок «Обеспечение доступного образования детям с ограниченными возможностями здоровья (в условиях учреждения дополнительного образования)». В 2012 году награжден Почетной грамотой Министерства образования РФ.

Образовательная программа Андрея Афонина «Интегрированная театральная студия „Круг II“», где он сам является художественным руководителем и режиссёром в течение 20 лет, получила звание «Лауреата I Степени» Окружного конкурса программно-методических материалов 2010 года СЗУО г. Москвы. Кроме всего прочего Андрей Афонин является автором образовательной программы специализации в области психологической реабилитации «Коррекция нарушений социокультурного взаимодействия (комплекс занятий с привлечением арсенала традиционной культуры)» для Кафедры психологической реабилитации МГППУ, по которой преподавал в течение 4-х лет в МГППУ.

До 2013 года он также являлся членом правления РОО социально-творческой реабилитации детей и молодежи с отклонениями в развитии и их семей «Круг»(г. Москва). Был одним из основателей, членом оргкомитета и членом отборочной комиссии Всероссийского фестиваля особых театров «Протеатр» (с 2000 до 2012 года).

С 2013 года является председателем Регионального отделения Межрегиональной общественной организации в поддержку людей с ментальной инвалидностью и психофизическими нарушениями «Равные возможности» (г. Москва). «Я иногда слышу от профессиональных актеров и музыкантов такие слова: «Поют ребята нестройно, в ритм не всегда попадают, двигаются иногда угловато, но оторвать глаз от сцены невозможно, и все спектакли люди смотрят на одном дыхании, с ощущением присутствия в момент чуда живого творчества».

В 1963 году в Москве, в районе Измайлово «родился» Театр мимики и жеста — первый в мире и единственный в России стационарный профессиональный театр глухих актеров.

Спектакли театра основаны на выразительности жестового языка глухих, на пластике, элементах пантомимы, музыки, танца. Происходящее на сцене синхронно озвучивают профессиональные дикторы. Спектакли театра доступны не только для глухих зрителей, но и для слышащих детей и взрослых. Большинство зрителей, посещая спектакли театра, не верят, что актеры не слышат, настолько точны их движения и пластика в такт музыке. Артисты театра способны сыграть высокую трагедию и сатирическую комедию, остросоциальную драму и пантомиму, музыкальную комедию и многое другое.

В настоящее время директор театра — заслуженный работник культуры РФ Николай Сергеевич Чаушьян.

Артисты театра часто принимают участие в съемках художественных фильмов и сериалов, участвуют в престижных конкурсах. Кроме того, их приглашают играть в другие театры. Игорь Стрелкин, Алексей Лемешев и Максим Тиунов выступают в спектакле «Калигула» Московского Губернского театра.

В репертуаре театра на данный момент 16 постановок, и «копилка» постоянно пополняется: в 2018 году было поставлено четыре новых спектакля. Предпочтение отдается детским спектаклям, в том числе и игровым, в которых маленькие зрители вовлекаются в действие на сцене как участники. Взрослых порадуют комедия парадокса «Женитьба Дон Жуана», спектакль-пантомима «Женщина с витрины» и другие спектакли.